Sí. Si haces huelga, te descontarán la parte proporcional del sueldo y complementos (normalmente, la mitad).
La media jornada no consiste en que unos días vas y otros no, sino en que tu jornada diaria es la mitad. Que algunos días no vayas es un arreglo interno del servicio; a efectos de huelga, se aplica la proporcionalidad sobre tu jornada reconocida.